Obec Hubenov vznikla pravděpodobně německou kolonizací. Stará vesnice podle archivních záznamů měla již v roce 1366 název Hladov (v latinských listinách název Steindorf) a původní obyvatelé se zabývali pastevectvím. V pozdější době se pastevní dvorce Hladov (Starý Hubenov) a Hubenov (Nový Hubenov) dostaly do majetnictví kláštera v Želivě.
Za husitských válek přešel majetek želivského kláštera na rod Trčků z Lípy. Krištof Jaroslav Trčka z Lípy poté prodal vesnici Hladov a dvorec Hubenov Albrechtovi z Ratibořic, který pak v roce 1599 prodal tento majetek městu Jihlava. Ve vlastnictví jihlavských měšťanů byla obec do roku 1848.